生平
明末
誥授光祿大夫，太僕寺少卿馬明卿四子。萬曆四十七年（1619年），馬士英中式己未科進士，授南京戶部主事。天啟年間，遷郎中，出為嚴州、河南、大同知府。崇禎三年（1630年），任山西陽和道副使，後升宣府巡撫，不久因賄賂權貴被太監王坤舉發削職，寓居南京。馬士英閒居南京時與阮大鋮交厚，更因阮之力復出擔任鳳陽總督一職，結下了與閹黨的深厚關係。
弘光朝
崇禎帝殉國後，當時藩王中尚存的神宗直系子孫，有福王朱由崧、惠王朱常潤、潞王朱常淓、桂王朱常瀛（永曆帝朱由榔之父）等人。論輩分親疏，又以福王朱由崧為其中最適當人選，然而南京朝廷的許多大臣皆為東林黨、復社出身，對於擁立福王有所顧忌。因為此前明神宗曾經想要廢太子，改立朱常洵（福忠王，朱由崧的父親），遭到東林黨人的反對而作罷，是為國本之爭，故東林黨、復社人士害怕福王一旦登基，自己恐怕難逃排擠與報復，於是亦有許多人支持擁立潞王稱帝。
南京朝廷的首席重臣史可法的恩師左光斗為東林黨人，史可法本身的政治理念也較偏向東林、復社人士，但是考慮到諸位藩王王地位的親疏，仍以立福王最具正當性，於是史可法為此積極奔走、試圖找尋折衷的辦法。在史可法仍在聯絡各方人士的過程中，馬士英與高傑、黃得功、劉良佐、劉澤清等人則搶先一步推舉福王擔任監國，並於五月十五即位為皇帝，改隔年為弘光年號。
福王既立，馬士英因為定策有功，任東閣大學士、兵部尚書，加右副都御史銜，仍任鳳陽總督，成為南明朝廷首席大臣。其餘高傑、黃得功等人亦因為實際擁有兵權而加官晉爵，統領江北地區的軍備防務。原南京兵部尚書史可法與復社人士也因此失勢；史可法乃自請督師，前往揚州統籌守務，然而高、黃、劉等武將，卻各自只為鞏固自身勢力，與史可法未能配合。
馬士英後來推薦了在「魏忠賢逆案」中被定罪的阮大鋮任官，使復社人士相當不滿，藉此攻擊馬士英為閹黨奸佞。兩方在政治上爭執不下，造成南明朝廷的內、外不和諧，始終無法同心力求明廷的恢復。明亡之後史家因受東林黨影響，而將馬士英列為奸臣。
弘光元年（1645年），鎮守武昌的左良玉，發兵沿江而下，要「清君側」、「除馬阮」。馬士英提出：「寧可君臣皆死於大清，不可死於左良玉之手」。命史可法從泗州移兵抵燕子磯，以防左良玉。左良玉兵敗後，史可法移師揚州，在清軍攻擊下失守，史可法壯烈殉國，南京政權被滅。弘光帝被虜，馬士英逃至浙江，投靠總兵方國安，後被清軍所俘，拒降身死。（一說逃慝台州四明山之金鐘寺剃髮，被清兵俘虜，最後殛死）。
家族
有兩子，一名馬錫，一名馬鑾。馬錫由於看不慣其父為人，哭著勸其父改過。明亡後在南京靠算命為生，終其天年。馬鑾則依仗其父勢力，在宮內佈置密探，監視朝廷動靜。清軍入南京時被殺。
軼事
馬士英渡過錢塘江後，底下的黔兵各個四散潛逃，馬士英乃隱居在天台寺中。後被其家丁五花大綁獻給清朝的某位貝勒，貝勒細數其罪狀及惡行後，將其誅殺；再將其屍體的皮剝下，中間塞草，憤怒的百姓看到馬士英的下場，無不拍手稱快。厭惡他的更將他與崇禎時被明思宗賜死的周延儒並稱，將兩人下場寫作一副對聯，曰：
評價
• 《明史》謂馬士英「為人貪鄙無遠略，複引用大鋮，日事報複，招權罔利，以迄于亡」。
• 顧誠的《南明史》評價馬士英固然不是救時之相，但把他打入另冊，列入《明史》奸臣傳是毫無道理的。至于把他同阮大鋮挂在一起稱之為「閹禍」更是無中生有。
• 清代王應奎《柳南續筆》卷一《蟋蟀相公》條稱：「馬士英在弘光朝，為人極似賈秋壑，其聲色貨利無一不同。羽書倉皇，猶以鬥蟋蟀為戲，一時目為『蟋蟀相公』。」
注釋
