僧肇好清談，早年師從鳩摩羅什，著作甚多，以《肇論》最為出名。肇論一詞最早見于惠達《肇論疏》，事實上是由《宗本義》、《物不遷論》、《不真空論》、《般若無知論》、《涅槃無名論》所組成。「宗本義」為全書之首，是僧肇的思想總綱，隱士劉遺民對僧肇的《般若無知論》極為推崇，弘始十二年（410年）劉遺民致函僧肇稱「才運清俊，旨中沈允。推步聖文，婉然有歸，披味殷勤，不能釋手，真可謂浴心方淵，悟懷絕冥之肆，窮盡精巧，無所間然」。此時僧肇只有二十三歲。

佛教般若學「六家七宗」之說，很明顯是受到老莊玄學等傳統思想影響的結果，人們對般若性空學說的理解，多流于片面，不夠精確。《肇論》是佛學中國化的代表作，結合了中國的老子與莊子思想，又以《維摩》、《般若》、《三論》為宗。僧肇的佛學思想都是圍繞著解般若學的「空」展開的。《肇論》以般若中道之觀點來闡述大乘佛教「般若性空」的思想，批六家七宗中的本無、即色和心無三家。

黃懺華在《僧肇》一文稱：「《宗本義》從緣生無性談實相，《不真空論》從立處皆真談本體，《物不遷論》依即動即靜談體用一如，《般若無知論》談體用的關係，都是有所發揮而互相聯繫之作」。一般而言，《般若無知論》講「智空」，《不真空論》和《物不遷論》講「法空」，《涅槃無名論》講「智法俱同一空」的「果空」，僧肇被喻為「解空」第一。

僧肇的《肇論》是在佛教的基礎上對玄佛合流進行批判，一方面將玄學的成就推展至高峰，一另方面又標誌著玄佛合流的終結，從此老莊思想在佛學中徹底消失，中原高僧多不願再附會於老莊。

歷代有許多高僧註疏《肇論》。南朝宋明帝時期，陸澄編有《法論目錄》，著錄《肇論》四篇，《不真空論》歸于「法性集」、《涅槃無名論》歸于「覺性集」、《般若無知論》歸于「般若集」、《物不遷論》歸于「物理集」。慧晈撰《高僧傳》，介紹僧肇的生平，大量引用《涅槃無名論》。現存有晉朝惠達《肇論疏》2卷，唐朝元康《肇論疏》3卷，惠澄《肇論疏》3卷。宋朝淨源有《肇論中吳集解》三卷及《肇論集解令模鈔》二卷。元朝文才有《肇論新疏》三卷和《肇論新疏遊刃》三卷。明朝憨山德清的《肇論略注》6卷，袾宏有《竹窗隨筆·物不遷論駁》。

《涅般無名論》被疑為偽作，湯用彤、方立天、石峻等人皆以《涅槃無名論》是偽作，湯用彤《漢魏兩晉南北朝佛教史》下：「《涅槃無名論》頗有疑點，或非僧肇所作。」對此學術界對此看法不一。