父杜鄴曾任涼州（今甘肅省張家川回族自治縣）刺史。王莽末年，盜賊蜂起，杜林和弟杜成避難于河西（今甘肅武威），隗囂聽說杜林有志節，打算讓他做持書平。杜林不肯，又勸他歸順東漢，隗囂不聽。杜林以弟杜成去世為由，請求攜柩回鄉安葬。隗囂大怒，派刺客楊賢去殺他。楊賢見到杜林用鹿車推亡弟的靈柩，感念其友孝，嘆說「當今之世，誰能行義？我雖小人，何忍殺義士？」，遂不忍殺之。建武六年（30年）歷官侍御史，官至大司空。杜林精研孔子之禮，曾於河西得漆書《古文尚書經》一卷，隨著帶在身邊，後來賈逵為之作《訓》，馬融作《傳》，鄭玄《註解》，古文尚書開始流傳。

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